L'origine du mot Cerneux vient du mot "Cern/Cernus", qui signifie "lieu entouré" et le nom Péquignot provient de celui d'une famille de défricheurs de Montlebon (Département du Doubs, France).
C'est en 1380 que la comtesse Isabelle de Neuchâtel, qui avait la gardienneté du Val de Morteau, amodia les Prés du Cerneux et du Gardot pour un quartier de fromage et une livre de cire. A la fin du printemps, les troupeaux de vaches venaient paître, mais il y avait bien de mauvais pâturages avec beaucoup de genévriers, noisetiers et marais; c'est à cette époque là que doivent être apparus les moines défricheurs.
Au XVème siècle, la région faisait partie de la Bourgogne; ensuite, elle passa de la domination des Ducs de Bourgogne à celle de L'Espagne, avec le mariage de Marie (fille de Charles Le Téméraire) à l'Archiduc d'Autriche. La province se gouvernait en quelque sorte par elle-même car elle ne connaissait son souverain que par son nom.
Pendant la Guerre de Trente ans (guerre de religion) de 1618 à 1648, notre région souffrit terriblement. En 1639, des bandes de Suédois tuèrent, pillèrent et incendièrent le village; des 58 maisons, il n'en resta que 2.
Il ne restait que quelques habitants souffrant d'épidémies et de famine. Débarrassée de ces pilleurs, la population se mit à reconstruire de nouvelles maisons. C'est alors que des gens du canton de Fribourg et de Savoie vinrent repeupler le pays, ce sont les ancêtres des familles : Vermot, Bonnet, Pugin, Orsat.
Le Cerneux- Péquignot passa en 1674 sous la suzeraineté du Roi Louis XIV.
Les habitants du Cerneux-Péquignot dépendaient de la paroisse de Morteau; ils devaient parcourir plus de deux lieues pour assister aux services religieux.
En cette fin du XVIIème siècle, le Roi Louis XIV révoqua l'Edit de Nantes. Sa politique religieuse renforça les gens du Cerneux dans leur dessein de se doter d'une chapelle et de se séparer de la paroisse de Morteau. Une première souscription pour ce projet eut lieu en 1680 et 3 ans plus tard fut obtenu du Prieur de Morteau, Claude-Joseph Maréchal, l'autorisation de bâtir une chapelle. En 1689 on se mit au travail et la chapelle put être consacrée au culte en 1690. L'Eglise fut agrandie en 1897, dirigée par les soins de l'Abbé Gustave Brasey, la Tour fut aussi refaite en 1906, la cure fut rénovée par les soins de l'Abbé Joseph Alix.
En 1789 la Révolution éclata et comme le Cerneux faisait partie de la France, le contre-coup s'y fit ressentir. L'aristocratie et le Clergé étaient pourchassés et mis à mort; le curé du Cerneux n'échappait pas à ces poursuites et dut se cacher pour administrer les sacrements et fut contraint de fuir dès 1792. C'est à ce moment-là que les autorités civiles françaises vendirent la cure à un M. Prenel pour le prix de 700 francs. Cette dernière fut transformée en poste de gendarmerie et il disparut une cloche à l'Eglise.
Mais au bout de 3 à 4 ans de luttes fratricides et de tueries, il se trouva en France, un capitaine qui pendant plus de 15 ans fit trembler l'Europe, c'était Napoléon 1er. La Suisse fut très affaiblie par les guerres de religion et paya très cher l'occupation française.
Le canton de Neuchâtel, sous domination prussienne depuis 1707, fut cédé au Maréchal Berthier par Napoléon 1er en 1804. Le Cerneux vit ses voisins neuchâtelois connaître la domination française et le 18 mai de cette année-là, Napoléon devenait empereur des Français. Au printemps 1812, Napoléon passait le Rhin avec la plus formidable armée qui n'eut jamais existée. Les Neuchâtelois avaient fourni un bataillon qui se nommait "Les Canaris".
L'Empereur avait rêvé de soumettre la Russie. En septembre, il s'installait au Kremlin, mais les Russes brûlèrent la ville, alors il fallut songer à rentrer. Napoléon repartit trop tard, un terrible hiver et le fameux passage de la rivière La Bérésina décima ses troupes et la grande armée fut anéantie. Mais son ambition ne l'arrêta, pas et au printemps 1813, il reformait une armée, il fut battu à Leipzig par les Allemands, Autrichiens et Russes, le 21 décembre, 200.000 hommes de ces derniers franchissaient le Rhin pour Paris. Le 26 décembre une partie de l'armée autrichienne passait au Cerneux-Péquignot. La commune souffrit de ce passage mais moins que La Brévine, La Chaux-du-Milieu, Le Locle et Les Verrières.
Les habitants du Cerneux étaient bien las d'être Français, et ils devaient tous être bien d'accord de devenir Neuchâtelois malgré la différence de religion.
Les cantons suisses réunis le 10 septembre 1814 consentirent à recevoir le canton de Neuchâtel comme Suisse.
On discuta de l'affaire du Cerneux-Péquignot au congrès de Vienne en 1815. Le traité de Paris ôta à la France le village du Cerneux-Péquignot mais pratiquement, la frontière fut marquée en 1819. Le 18 février de cette année-là, l'archevêque de Besançon faisait savoir à M. Dornier, curé du Cerneux, qu'il était relevé de l'archevêché de Besançon et incorporé au diocèse de Lausanne. Le conseil d'Etat chargea le maire de La Brévine, David-Guillaume Huguenin, de l'administration provisoire de la justice et police dans la commune et lui ordonna de faire connaître aux habitants ce nouvel état de fait.
